De oorsprong van deze kerk gaat terug tot 1855, toen de uitgetreden karmelieter monnik, pater Francesc Palau y Quer, zich in deze parochie vestigde en Rome om een openbaar bedehuis vroeg, omdat de bewoners van de streek ver van de dichtstbijzijnde kerk woonden: die van Sant Josep de sa Talaia. De reactie van Rome bleef beperkt tot de concessie van een oratorium in zijn eigen huis, dat in 1864 zou worden ingehuldigd.
De structuur van deze kleine tempel bestond uit een schip van ongeveer acht meter diep, vijf meter breed en vier meter hoog. Jarenlang werden er geen regelmatige missen gehouden, behalve als een priester de kerk bezocht. De kerk werd bewoond door kluizenaars die leefden van het voedsel dat ze zelf verbouwden. In 1867 maakte de vicaris van het kapittel, Rafel Oliver Ribas, het parochieplan van Ibiza en Formentera bekend (de priester Palau was toen al niet meer op het eiland), waarin stond vermeld er in deze omgeving een openbaar bedehuis moest worden gebouwd. Zo werd de oorspronkelijke privékapel uiteindelijk de huidige kerk.
Aartshertog Lluís Salvador verwees datzelfde jaar nog naar deze tempel: “De kerk van Es Cubells, gewijd aan de Maagd Maria van de Karmelberg, is een zeer sober gebouw, vergelijkbaar met alle andere van deze aard en heeft drie kapellen met ronde bogen aan weerszijden van het schip, dat nog steeds geen dak heeft”. De kerk werd in 1933 tijdelijk en in 1940 definitief omgebouwd tot parochiekerk. De bouw werd definitief voltooid in 1958. Het beeld van de Maagd Maria van de Karmelberg werd op 16 juli 1941 gezegend. Het uit hout gesneden tabernakel dat in 1958 werd geplaatst is het werk van Román y Salvador, evenals het houten altaar onder het beeld. De twee kapellen die dit bedehuis aan weerszijden van het priesterkoor heeft, behoren tot de oude kapel en zijn opgedragen: de ene aan de Heilige Christus en aan de Moeder der Smarten, en de andere aan het Heilig Hart van Jezus.
