Los orígenes de esta iglesia se remontan al año 1855, cuando el religioso carmelita exclaustrado, el Padre Francesc Palau y Quer, se establece en esta parroquia y solicita a Roma la gracia de un oratorio público, al considerar que los pobladores de la comarca estaban muy alejados de la más próxima: la de Sant Josep de sa Talaia. La respuesta de Roma se limitó a la concesión de un oratorio privado en su misma casa, que se inauguraría en el año 1864.
La estructura de este pequeño templo consistía en una nave de unos ocho metros de fondo y cinco de ancho por cuatro de alto. Durante muchos años no se hicieron misas con regularidad, exceptuando cuando la visitaba algún cura. Era habitada por ermitaños que se alimentaban del producto de su trabajo en las tierras y huertos que trabajaban. En el año 1867, el vicario capitular, Rafel Oliver Ribas, hizo público el plan parroquial de Eivissa y Formentera (por aquel entonces el beato Palau ya no estaba en la isla), en el cual se preveía la necesidad de construir un oratorio público en esta zona. De este modo, la capilla privada original pasaría con el tiempo a convertirse en la actual iglesia.
El archiduque Lluís Salvador hacía referencia a este templo aquel mismo año: “la iglesia des Cubells, bajo la advocación de la Virgen María del Carmen, es un edificio muy sobrio, parecido a todos los de su carácter y tiene tres capillas de arco de medio punto a cada lado de la nave, todavía sin techo” La iglesia se convirtió provisionalmente en templo parroquial en el año 1933 y definitivamente en parroquia en el año 1940. Las obras acabaron definitivamente en el 1958. La imagen titular de la Virgen María del Carmen fue bendecida el 16 de julio de 1941. El sagrario de madera cortada que se puso en 1958 es obra de Román y Salvador, como también el altar de madera que hay debajo de la imagen. Las dos capillas que tiene este templo a ambos lados del presbiterio pertenecen a la antigua ermita y están dedicadas: una al Santo Cristo y a la Dolorosa, y la otra al Corazón de Jesús.
